Kemantren Danurejan terbagi menjadi 3 (tiga) kelurahan, yaitu :

1. Kelurahan Bausasran,
2. Kelurahan Tegalpanggung,
3. Kelurahan Suryatmajan.

Kemantren Danurejan terdiri dari 12 (dua belas) kampung, yaitu :

1. Kampung Tegal Lempuyangan
2. Kampung Lempuyangan
3. Kampung Macanan
4. Kampung Ronodigdayan
5. Kampung Bausasran
6. Kampung Ledok Tukangan
7. Kampung Tukangan
8. Kampung Tegal Kemuning
9. Kampung Tegalpanggung
10. Kampung Juminahan
11. Kampung Ledok Macanan
12. Kampung Gemblakan Atas
13. Kampung Sosrokusuman
14. Kampung Gemblakan Bawah
15. Kampung Suryatmajan
16. Kampung Cokrodirjan

Perangkat Daerah Kemantren Danurejan dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kota Yogyakarta sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 4 Tahun 2020. Sedangkan kedudukan Perangkat Daerah Kemantren dijabarkan lebih konkrit dalam Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 121 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Kemantren dan Kelurahan.